現在の芦原温泉中心部は低湿な沼地でした。
明治16年に農地の灌漑工事を行っている最中に、約80度の温泉が噴出したのが芦原温泉の始まりと云われている。
翌明治17年には数軒の温泉宿が開業し湯治客を泊めるようになった。明治45年に旧国鉄の三国線が開通し、温泉街として発展。
その後、福井大震災（昭和23年）、芦原大火（昭和31年）など度重なる震災を乗り越え今日の芦原温泉に至っている。